Walaupun sudah dianggap tidak selamat, Flor de la mar masih tetap digunakan sebagai salah satu kapal untuk menawan Melaka, yang ketika itu sebagai sebuah pelabuhan dan pusat perdagangan terulung pada kurun ke-15 di dunia di sebelah Nusantara. Dengan memberikan tanggungjawab yang besar untuk membawa kapasiti barangan melebihi had muatan, Afonso de Albuquerque mahu menghadiahkan harta rampasan dari Melaka kepada Raja Portugis ketika itu, Raja Manuel I. Kapal juga digunakan dalam pelayaran pulang, menjelang akhir tahun 1511, untuk mengangkut khazanah besar yang dihimpunkan dalam penaklukan Melaka serta hadiah dari Kerajaan Siam (Thailand) kepada Raja Portugal.[1]

Apabila "Flor de la mar" belayar keluar dari Melaka dan mahu menuju ke Goa, yakni di persisir perairan Sumatera timur di Selat Melaka berdekatan negeri Pasé (Pasai), tanpa diduga, telah berlakunya ribut yang dahsyat, dengan panahan petir yang kuat yang menyebabkan laut bergelora di Selat Melaka, kapal digambarkan rosak teruk menyebabkan banyak barang rampasan musnah, dan ramai terkorban.[2]

Akibat dari kerakusan alam itu, kapal Flor de la mar tidak dapat bertahan lalu tenggelam dan karam di lautan berdekatan persisir pantai. Kejadian itu berlaku pada malam 20 November 1511. Walaubagaimanapun, laksamana Afonso de Albuquerque telah terselamat, tetapi masih dalam keadaan yang sukar, dengan hanya mengharapkan pertolongan rakit ubah suai ia cuba menyelamatkan diri, tetapi semua kargo bernilai berbilion-billion dolar hilang dalam sekelip mata.

"Tidak ada apa yang terselamat kecuali mahkota dan pedang emas dan cincin bertakhta batu delima yang disampaikan oleh Raja Siam kepada Raja D. Manuel. Antara yang hilang, Afonso de Albuquerque sangat berduka kebanyakan semua gelang yang dia telah temui di Naodabegea, yang dia mendapat anugerah kepujian untuk ditunjukkan kepada raja, dan empat (atau enam) singa gangsa dari Sultan Melaka yang dia berhasrat untuk menguburinya sendiri (membuangnya tidak mahu disimpan lagi)"

.[3] Flor de la Mar kini telah terkubur sehingga ke hari ini didasar laut tanpa siapa yang pasti kedudukan sebenarnya terletak dimana.

Kedudukan bangkai kapal masih terus menjadi kontroversi sehingga ke hari ini. Empunya pemilikan kapal juga masih terus menjadi kontroversi ada pihak yang menuding jari mengatakan bangkai kapal dan segala isinya termasuk limpahan hartanya masih tetap milik Portugis, ada pula mengatakan milik Malaysia kerana apabila kapal itu datang ke Melaka, ia kosong, rekod menunjukkan segala muatan kapal dan limpahan harta karun yang limpah ruah adalah milik kerajaan negeri Melaka yang dirampas Portugis. Indonesia pula mendakwa, laporan sejarah kapal karam menyatakan kedudukan relatif kapal karam itu jelas berada diperairan negaranya. Robert Marx, pencari harta karun Amerika berkata, dia telah menghabiskan 20 juta dollar Amerika dalam projek untuk membawa Flor de la mar ke permukaan. Menurutnya: Ia (Flor de la mar) ialah kapal kaya raya yang telah hilang di lautan, dengan ianya menampung 200 tong dipenuhi batu permata berharga, berlian dari saiz kecil setengah inci sehingga sebesar genggam manusia."